农业农村局在行政处罚案件中的自由裁量幅度，是根据农业农村部制定的《规范农业行政处罚自由裁量权办法》来执行的。这一办法旨在规范农业行政执法行为，确保行政处罚的合法性、合理性和适当性，同时保护行政相对人的合法权益。

具体来说，农业行政处罚案件中的处罚幅度裁量规则如下：

一、当法律、法规、规章设定的罚款数额有一定幅度，并同时规定了最低罚款数额和最高罚款数额时：

• 从轻处罚应低于最高罚款数额与最低罚款数额的中间值。
• 从重处罚应高于这个中间值。

以销售应当审定未经审定种子案为例，根据《中华人民共和国种子法》的相关规定，罚款幅度为二万元至二十万元。此时，从轻处罚应在二万元至十一万元之间（不含十一万元），从重处罚应在十一万元至二十万元之间（含十一万元）。

二、当只规定了最高罚款数额而未规定最低罚款数额时：

• 从轻处罚一般按最高罚款数额的百分之三十以下确定。
• 一般处罚按最高罚款数额的百分之三十以上百分之六十以下确定。
• 从重处罚应高于最高罚款数额的百分之六十。

以农民在蔬菜上使用毒死蜱农药案为例，根据《农药管理条例》的相关规定，对个人最高罚款数额为一万元。此时，从轻处罚数额为三千元以下，一般处罚为三千元至六千元之间，从重处罚为六千元以上至一万元（不含一万元，一万元为顶格处罚）。

三、当罚款为一定金额的倍数，并同时规定了最低罚款倍数和最高罚款倍数时：

• 从轻处罚应低于最低罚款倍数和最高罚款倍数的中间倍数。
• 从重处罚应高于这个中间倍数。

以经营假兽药案为例，根据《兽药管理条例》的相关规定，罚款倍数为货值金额的2倍至5倍。此时，从轻处罚适用2倍至3.5倍之间（不含3.5倍），从重处罚适用3.5倍至5倍之间（含3.5倍）。

四、当只规定最高罚款倍数而未规定最低罚款倍数时：

• 从轻处罚一般按最高罚款倍数的百分之三十以下确定。
• 一般处罚按最高罚款倍数的百分之三十以上百分之六十以下确定。
• 从重处罚应高于最高罚款倍数的百分之六十。

以销售擅自修改标签内容的肥料案为例，根据《肥料登记管理办法》的相关规定，最高罚款倍数为违法所得的3倍。此时，从轻处罚适用1倍以下，一般处罚为1倍至2倍之间，从重处罚为2倍至3倍之间（不含3倍，3倍为顶格处罚）。

综上所述，农业农村局在行政处罚案件中的自由裁量幅度是依据具体的法律、法规、规章以及《规范农业行政处罚自由裁量权办法》来确定的，确保处罚的公正性和合理性。