医疗机构不合理收费违反了多项法律规定，具体如下：

1. 《中华人民共和国民法典》：患者到医院就医，与医院形成医疗服务合同关系。不合理收费属于违约行为，患者有权要求医院承担违约责任，退还多收费用并赔偿损失。

2. 《中华人民共和国价格法》：医院收费应遵循明码标价等规定，不合理收费违反了价格相关法规。价格主管部门可责令其改正，没收违法所得，并处违法所得五倍以下罚款；没有违法所得的，予以警告，可以并处罚款；情节严重的，责令停业整顿，或者由工商行政管理机关吊销营业执照。

3. 《医疗纠纷预防和处理条例》：该条例要求医疗机构应当按照国务院价格主管部门会同国务院卫生主管部门制定的医疗服务项目和标准收费，不得违法违规收取费用。违反规定的，由县级以上人民政府价格主管部门会同同级卫生主管部门责令改正，给予警告，并处5000元以上1万元以下罚款；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予或者责令给予降低岗位等级或者撤职的处分，对有关医务人员可以责令暂停6个月以上1年以下执业活动；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

综上所述，医疗机构不合理收费不仅违反了民法典中的合同约定，还违反了价格法及医疗纠纷预防和处理条例中的相关规定。患者如遇此类情况，可向相关部门投诉举报，以维护自身合法权益。