针对您提出的“医疗机构过期药品由哪个部门处罚”的问题，以下是我的详细解答：
结论前置：医疗机构使用过期药品，由县级以上人民政府卫生主管部门（如卫生健康局）进行处罚。
具体解答：
市场监督管理部门：在药品经营、使用环节，市场监督管理部门（原食品药品监督管理局等）负责对药品经营、使用单位进行监管，查处销售、使用过期药品的违法行为。对于违规商家，市场监督管理部门会依据相关法律法规进行处罚，包括罚款、吊销许可证等。
卫生健康部门：在医疗机构方面，卫生健康部门（如卫生健康局、卫健委等）负责监督医院对过期药品的管理和处理情况，确保医疗安全。如果医疗机构未严格执行药品保管制度，未及时发现并处理过期药品，卫生健康部门有权责令其改正，并给予相应的行政处罚，如罚款、警告等。
药品监督管理部门：药品监督管理部门（如国家药品监督管理局、地方药品监管局等）从药品全生命周期角度出发，对过期药品的回收、销毁等环节进行指导和监督，保障公众用药安全。虽然药品监督管理部门不直接对医疗机构使用过期药品的行为进行处罚，但其在药品监管方面发挥着重要作用。
法律依据：根据《医疗纠纷预防和处理条例》第十二条，医疗机构应当依照有关法律、法规的规定，严格执行药品的进货查验、保管等制度，禁止使用无合格证明文件、过期等不合格的药品。对于违反该条例的医疗机构，县级以上人民政府卫生主管部门有权责令改正，给予警告，并处以罚款等行政处罚。
综上所述，医疗机构过期药品的处罚主要由县级以上人民政府卫生主管部门（如卫生健康局）负责，但市场监督管理部门和药品监督管理部门也在各自职责范围内对药品的监管和处罚发挥着重要作用。如果您有任何关于医疗事故赔偿、工伤赔偿或药品监管方面的法律问题，欢迎随时向我咨询。