在高速路应急车道超车导致石头飞起砸玻璃破的情况，对超车行为应处警告或者二十元以上二百元以下罚款，同时还需承担相应的民事赔偿责任。具体分析如下：

一. 关于超车行为的处罚

1. 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。在此案例中，应急车道是供紧急情况下使用的，超车行为显然违反了道路通行规定。
2. 实际应用：超车行为不仅危及自身安全，还可能对他人造成损害。如本案例中，超车导致石头飞起砸破玻璃，就体现了这种行为的危险性。因此，对此类违法行为进行处罚是合理的，也是必要的。

二. 关于民事赔偿责任

1. 分析说明：超车行为导致石头飞起砸破玻璃，造成了他人的财产损失。根据民法原理，行为人因过错侵害他人民事权益的，应当承担侵权责任。
2. 实际应用：在此案例中，超车者因其违法行为导致了他人的财产损失，因此应当承担相应的赔偿责任。赔偿范围通常包括被砸玻璃的损失以及可能产生的其他相关费用。

三. 综合建议

• 我建议：驾驶人在驾驶过程中应严格遵守交通规则，避免在应急车道超车等违法行为，以确保自身和他人的安全。
• 如有进一步需要：您若对赔偿事宜或相关法律问题有疑问，可以继续咨询我。