关于“中标合同发现有违法行为由哪家决定废除”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

核心结论

中标合同发现有违法行为时，废除合同的决定通常并非由单一机构作出，而是依据违法行为的性质、严重程度以及合同的具体内容，由相关监管机构或法院在各自职权范围内进行审查和处理。

具体分析

1. 监管机构的处理：

   • 如果中标合同中的违法行为涉及行政监管领域，如违反招投标法、合同法等相关法律法规，那么相关的行政监管机构（如建设行政主管部门、市场监管部门等）有权对合同进行审查，并根据违法行为的性质和严重程度，作出相应的行政处罚，包括但不限于废除合同、罚款、吊销资质等。

2. 法院的处理：

   • 如果中标合同的违法行为引发了民事纠纷，或者合同当事人对监管机构的决定不服并提起行政诉讼，那么法院将作为中立的裁判机构，对合同的有效性、违法行为的性质以及法律后果进行审理和判决。在法院审理过程中，如果确认合同存在违法行为且严重影响合同效力，法院有权判决废除合同或宣告合同无效。

3. 合同双方的协商：

   • 在某些情况下，如果中标合同的违法行为并未达到严重违法的程度，且合同双方均有意愿继续履行合同，那么双方可以通过协商的方式，对合同中的违法条款进行修改或补充，以使其符合法律法规的要求。这种协商修改并不等同于废除合同，而是对合同内容的合法调整。

总结与建议

综上所述，中标合同发现有违法行为时，废除合同的决定并非由单一机构作出，而是需要依据违法行为的性质、严重程度以及合同的具体内容，由相关监管机构或法院在各自职权范围内进行审查和处理。因此，如果在实际操作中遇到此类问题，建议首先咨询专业的法律顾问或律师，以便根据具体情况制定合适的应对策略。同时，也建议合同双方在签订合同时，务必仔细审查合同条款的合法性，以避免后续可能出现的法律纠纷。