合作协议证明不是劳动关系，钱是否能要回来，取决于具体的合作内容和款项性质。下面我将从几个角度为你详细分析：

1. 合作款项的性质：

   • 如果合作协议中明确约定了款项的支付条件、时间和方式，并且这些款项与劳动关系无关，那么即使合作关系被认定为非劳动关系，你仍然有权根据合作协议的约定要求对方支付款项。
   • 如果款项被认定为是基于劳动关系的工资、奖金等，而合作关系被否定为劳动关系，那么你可能需要依据劳动法的相关规定来主张权益，但这与合作协议本身无关。

2. 合作协议的效力：

   • 如果合作协议合法有效，且双方均按照协议履行了各自的义务，那么无论合作关系是否被认定为劳动关系，你都有权要求对方按照协议支付款项。
   • 如果合作协议存在无效或可撤销的情形，如违反法律法规、存在欺诈胁迫等，那么你可能需要依据合同法的相关规定来主张权益。

3. 款项的支付情况：

   • 如果对方已经按照合作协议的约定支付了款项，那么无论合作关系是否被认定为劳动关系，你都已经收到了款项，无需再主张权益。
   • 如果对方未按照合作协议的约定支付款项，你可以依据合作协议的约定和相关法律法规来要求对方支付款项。

综上所述，合作协议证明不是劳动关系，并不意味着你无法要求对方支付款项。你需要根据合作款项的性质、合作协议的效力和款项的支付情况来具体分析。如果遇到困难或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。