当公司扣员工底薪时，员工可以采取以下步骤来处理这个问题：

一、初步了解与协商

首先，员工应该与公司进行协商，详细了解扣底薪的具体理由和依据。在这个过程中，员工需要判断公司扣底薪的行为是否合理，是否违反了相关的劳动法律法规。如果公司能够提供合理的解释和依据，并且员工认为可以接受，那么问题可能就此解决。如果员工认为公司的扣底薪行为不合理或违法，那么就需要进一步采取行动来维护自己的权益。

二、向劳动监察部门投诉

如果与公司协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会对公司的扣底薪行为进行调查，如果确实存在违法行为，会责令公司改正并补发被扣的工资。在投诉时，员工需要准备好相关的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以便证明自己的劳动关系和工资情况。

三、申请劳动仲裁

如果劳动监察部门的处理结果仍然无法让员工满意，或者公司拒绝改正其违法行为，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，员工需要提交仲裁申请书和相关的证据材料，如劳动合同、工资条、扣底薪的证据等。仲裁委员会会依法进行审理，并作出裁决。如果员工对仲裁结果不服，还可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。

四、法律诉讼

如果经过仲裁后，员工仍然认为自己的权益没有得到保障，可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明公司的扣底薪行为违法，并请求法院作出公正的判决。

在处理公司扣底薪的问题时，员工需要保持冷静，理性地分析问题的原因和解决方案。同时，员工也需要了解自己的权益和相关的法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。如果员工在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以寻求专业的法律帮助或咨询相关的劳动部门。