在公诉刑事案件中，如果被告人选择不认罪认罚，那么在法庭上的辩护就显得尤为重要。以下是一些关于如何在法庭上进行有效辩护的建议：

首先，被告人可以明确提出自己无罪或不应当追究刑事责任的事实及理由。这包括详细阐述自己的无罪主张，以及提供与定罪有关的事实和证据进行反驳。被告人应尽可能提供能够证明自己无罪或罪轻的证据，如证人证言、物证、书证等，以支持自己的辩护观点。

其次，如果被告人有辩护人，辩护人将发挥关键作用。辩护人应深入分析案件材料，包括公诉机关提供的证据，以评估被告人的无罪主张是否合理。如果辩护人认为被告人的无罪理由不成立，或者公诉机关的证据链完整且有力，那么辩护人应当坚持依法辩护的原则，不得违背事实和法律进行辩护。此时，辩护策略应转向如何最大限度地保障被告人的合法权益，例如通过质疑证据的合法性、关联性或充分性，来削弱公诉机关的指控。

同时，辩护人还可以提出有利于被告人的证据或法律观点，以争取最轻或最有利的判决结果。这包括寻找并提出能够证明被告人罪轻、有悔罪表现、积极赔偿被害人损失等情节的证据，以及引用相关法律条款和司法解释来支持辩护观点。

在法庭审理过程中，被告人和辩护人都有权对与定罪、量刑有关的事实、证据进行辩论。经审判长许可，公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人可以对证据和案件情况发表意见并互相辩论。这是被告人和辩护人展示自己辩护观点、反驳公诉机关指控的重要机会。

最后，需要强调的是，无论被告人是否认罪认罚，辩护人都应始终坚持依法辩护的原则，尊重事实和法律。辩护人的责任是根据事实和法律提出证明被告人无罪、罪轻或者减轻、免除其刑事责任的材料和意见，以维护被告人的合法权益。同时，被告人也应充分信任并配合辩护人的工作，共同为争取最有利的诉讼结果而努力。