三方协议并不等同于格式协议。下面我来详细解释一下：

1. 三方协议的定义：

   • 三方协议通常指的是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，它是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。

2. 格式协议（格式合同）的定义：

   • 格式协议，或称为格式合同、标准合同，是指由一方预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。这类合同通常具有固定化、标准化的特点，且内容往往偏向拟定方。

3. 三方协议与格式协议的异同：

   • 相同点：三方协议在某种程度上也具有一定的格式性，比如它包含了固定的条款和格式要求，如毕业生信息、用人单位信息、学校信息、协议正文等。
   • 不同点：然而，三方协议并不完全等同于格式协议。三方协议的内容并非完全由一方预先拟定且不可协商，而是需要三方（毕业生、用人单位、学校）共同协商并填写相关内容。此外，三方协议还允许在“备注”部分另行约定各自的权利义务，这体现了其一定的灵活性和可协商性。

4. 法律性质与适用：

   • 三方协议作为明确三方权利义务的书面协议，具有法律效力。在签订时，各方应认真阅读并理解协议内容，确保自身权益得到保障。
   • 格式协议（格式合同）在法律上受到一定的限制和约束。根据相关法律法规，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款。

综上所述，三方协议虽然具有一定的格式性，但并不等同于格式协议。它在内容上需要三方共同协商并填写，且允许在备注部分另行约定权利义务，体现了其灵活性和可协商性。因此，在签订三方协议时，各方应认真阅读并理解协议内容，确保自身权益得到妥善保障。