驾驶机动车在高速公路上违法占用应急车道行驶，将被记6分，并处20元以上200元以下罚款。以下是对此问题的详细解析：

一、法规依据

根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的，一次记6分。同时，根据相关法律法规，此类违法行为还将面临20元以上200元以下的罚款处罚。

二、应急车道的定义与用途

应急车道是高速公路上的特殊通道，专为处理应急事务的车辆设置，如工程救险车、消防车、救护车以及执行紧急公务的警车等。这些车辆在执行任务时，需要快速、安全地通过或停靠在特定区域，以进行救援、救护或执法工作。因此，保持应急车道的畅通无阻至关重要。

三、违法占用应急车道的危害

1. 影响应急救援：当真正的紧急情况发生时，如果应急车道被非法占用，救援车辆将无法及时到达现场，可能延误救援时机，造成严重后果。
2. 扰乱交通秩序：违法占用应急车道会导致其他车辆不得不变道或减速避让，增加交通事故的风险，同时也会影响高速公路的通行效率。

四、特殊情况下的处理

虽然一般情况下禁止占用应急车道，但在某些特殊情况下，如车辆发生故障或事故无法继续正常行驶时，驾驶员可以在应急车道上行驶或停车。但此时需遵守以下规定：

1. 立即开启危险报警闪光灯，以提醒其他车辆注意并减速避让。
2. 在车后方150米处设置三角警告标志，以便其他车辆及时发现并采取避让措施。
3. 夜间或恶劣天气下，还应同时开启示廓灯、尾灯和后雾灯，增强车辆的可见性。
4. 车上人员应尽快撤到安全区域内，避免在车道内停留或行走，并及时拨打高速公路报警电话请求援助。

综上所述，驾驶员在高速公路上行驶时，应严格遵守交通规则，避免非紧急情况下占用应急车道，以免面临扣分及罚款的处罚。同时，在遇到车辆故障等紧急情况时，也需按照规范操作，确保自身及他人的安全。