中国的司法鉴定机构在理论上应当是独立的。以下是对这一结论的详细阐述：

1. 独立性的法律依据：

   • 根据相关法律法规，司法鉴定实行鉴定人负责制度，鉴定人应当独立进行鉴定，不受任何行政命令的影响。这表明，司法鉴定机构在从事鉴定业务时，应当保持其独立性，只服从科学，而不受其他外部因素的干扰。

2. 鉴定机构之间的关系：

   • 各鉴定机构之间没有隶属关系，它们是平等的，各自独立地从事司法鉴定业务。这种设置确保了鉴定机构之间的公平竞争，同时也为诉讼活动提供了更为客观、公正的鉴定意见。

3. 鉴定机构的地域限制：

   • 鉴定机构接受委托从事司法鉴定业务，不受地域范围的限制。这意味着，任何司法机关或诉讼当事人都可以依法委托在我国境内任何地方的鉴定机构进行鉴定。这种规定有效地利用了鉴定资源，为诉讼活动的顺利进行提供了服务。

4. 实际运作中的挑战：

   • 尽管司法鉴定机构在理论上应当是独立的，但在实际运作中，仍可能存在一些影响独立性的因素。例如，某些鉴定机构可能受到行政部门或其他外部势力的影响，导致其在鉴定过程中偏离科学原则。然而，这并不代表所有鉴定机构都缺乏独立性，而是需要进一步完善相关制度和监管机制，以确保鉴定机构的独立性和公正性。

综上所述，中国的司法鉴定机构在理论上应当是独立的，它们不受行政命令的干扰，各自独立地从事司法鉴定业务。然而，在实际运作中，仍需关注并解决可能影响独立性的因素，以确保司法鉴定结果的客观、公正和准确。如果你对司法鉴定机构的具体运作或相关法律问题有疑问，可以直接向我咨询。