关于补偿协议是否能开发票的问题，这主要取决于补偿款的性质以及其与增值税应税行为的关系。

首先，我们要明确补偿款的性质。补偿款通常是由于一方因某种原因（如违约、侵权、协商等）给予另一方的经济补偿。这种补偿并非基于商品购买或服务提供的交易行为，而是基于特定情况或双方协商的补偿行为。

接下来，我们根据补偿款的性质来判断是否需要开具发票：

1. 如果补偿款与销售货物、提供应税劳务、销售应税服务等增值税应税行为相关：

   • 这种情况下，补偿款可能被视为对销售价款的调整或补充，因此可能需要并入销售额并开具发票。
   • 例如，企业因产品质量问题给予购买方的补偿，这种补偿本质上属于销售行为的后续调整，所以应按规定开具发票。

2. 如果补偿款不属于增值税应税范围：

   • 如因合同违约支付的违约金、因协商给予的补偿等，这些并不属于增值税应税行为。
   • 在这种情况下，收款方通常不需要向付款方开具发票。取而代之的是，可以开具收款收据，并附上相关补偿协议作为收款凭证。
   • 此类补偿款一般不计入应税收入，因此不需要缴纳相关税费。但具体税务处理还需根据当地税务部门的解释来确定。

综上所述，补偿协议是否能开发票取决于补偿款的性质及其与增值税应税行为的关系。如果补偿款与增值税应税行为相关，则可能需要开具发票；如果补偿款不属于增值税应税范围，则无需开具发票，但需通过其他凭证来证明款项的支付情况。在实际操作中，建议咨询专业税务机构或律师以确保合规性并避免潜在的税务风险。