工程款支付担保的受益人是承包人。

详细解释如下：

在工程款支付担保中，担保公司（保证人）受发包人（被保证人）的委托，向承包人（受益人）提供工程款支付保函。如果发包人没有按照与承包人签订的《建设工程施工合同》的约定履行支付工程款的义务，那么保证人将按保函约定承担保证责任，代发包人向承包人支付工程款。因此，在这个担保关系中，承包人是直接的受益人，因为担保机制的存在保障了其工程款的支付。

此外，从《保障农民工工资支付条例》第二十四条第一款的规定也可以看出，建设单位应当向施工单位提供工程款支付担保，这一制度旨在规避因建设单位资金不到位或支付延迟而引发的工程款拖欠问题，进而保障农民工的工资支付。在这个语境下，施工单位作为承包人，同样是工程款支付担保的受益人。

综上所述，工程款支付担保的受益人是承包人，这一制度有效保障了承包人的合法权益，特别是工程款的支付。