企业向政府机关借款的合法性需根据具体情况判断。一般情况下，政府作为公共管理机构，并不允许从事商业经营活动，包括直接与企业签订借款合同进行资金借贷。这是由行政机关的社会公共管理角色性质决定的，旨在避免行政机关同时扮演“运动员”和“裁判员”的角色，确保行政管理的公正性和有效性。

然而，在特定情况下，政府向企业借款可能具有合法性。这主要取决于借款的用途、资金来源的合法性，以及是否经过法定程序批准。例如，政府为了扶持特定的企业或行业发展，可以依据财政部《关于地方财政有偿使用资金管理办法》的规定，发放财政周转金，实行有偿使用，并收取一定的资金占用费。在这种情况下，政府与企业之间的借款合同是合法有效的，但前提是必须严格遵守相关法律法规和政策规定，确保借款行为的合规性和透明度。

此外，政府向企业借款还需要考虑还款能力和资金使用的公开透明性。政府应充分评估自身的还款能力，确保能够按时足额偿还借款本息，避免给企业和公众带来不必要的经济负担。同时，政府借款及资金使用应公开透明，接受社会监督，以防止腐败行为的发生。

综上所述，企业向政府机关借款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行判断。在符合法律法规和政策规定的前提下，政府与企业之间的借款行为可能具有合法性。但无论如何，政府都应谨慎行事，确保借款行为的合规性和透明度，以维护公共利益和行政管理的公正性。