保密违法案件的调查通常分为以下几个环节：

1. 线索受理与初步核查：

   • 保密行政管理部门对公民举报、机关单位报告、保密检查发现以及有关部门移送的涉嫌泄露国家秘密的线索进行及时受理。
   • 初步核查线索的真实性，对有关物证、书证等证据材料进行登记和保管，并尽可能地向线索来源主体进行询问，必要时进行保密技术核查取证或函请相关部门进行溯源取证。

2. 管辖判断与移送：

   • 根据《泄密案件查处办法》的规定，判断泄密行为发生地的保密行政管理部门是否具有优先管辖权，或是否存在其他管辖情况（如属人管辖、专属管辖、指定管辖等）。
   • 对具有管辖权的泄密案件进行依法处理，对没有管辖权的泄密案件线索，在法定时限内移交具有管辖权的保密行政管理部门或其他部门。

3. 初查与立案：

   • 对泄密案件线索进行初查，以查明涉案人员身份、线索反映的问题是否属实、是否造成国家秘密泄露以及是否达到刑事立案的标准等。
   • 初查结束后，若符合立案标准，则严格按照法定程序果断立案，为后续展开调查打好基础。

4. 正式调查与取证：

   • 立案后，保密行政管理部门作为办案机关，选派调查人员，制作法律文书，准备必要的执法设备，并与涉案单位保密工作机构取得联系，商议现场调查相关事宜。
   • 开展正式调查时，严格按照规定的调查程序、调查内容、调查方式等进行，制作询问笔录、检查笔录、登记保存清单等文书，并搜集和固定证据材料。
   • 调查过程中，若发现涉案单位存在泄密隐患，应立即要求其采取措施进行整改。

5. 处理与执行：

   • 调查结束后，案件调查人员根据《泄密案件查处办法》的相关规定进行办理，包括提出处分建议、制作调查报告等。
   • 保密行政管理部门向涉案单位提出处分建议，应当与违反保密法律法规行为的性质、情节、危害程度相适应，做到实事求是、客观公正、宽严相济。
   • 确保处理决定得到有效执行，对罚款缴纳、行政处分落实、刑罚执行等情况进行监督检查。

6. 法律救济与整改预防：

   • 被认定为泄密并受到处理的人员有权提出申诉，如申请行政复议或提起行政诉讼。
   • 针对案件暴露出的问题，督促相关机关、单位采取整改措施，加强和改进保密工作，同时采取预防措施防止类似泄密事件再次发生。

综上所述，保密违法案件的调查是一个严谨而复杂的过程，涉及多个环节和方面。通过严格遵守法律法规和程序规定，可以确保泄密案件得到公正、公平和有效的处理。