工程质量保证金的比例可以是3%至5%，具体比例由合同双方约定。以下是详细分析：

一. 工程质量保证金的比例规定

• 根据《水电建设工程质量管理暂行办法（1997年版）》第十九条，项目法人可以实行设计进度质量保留金制度，在设计经费按合同及时支付的条件下，设计进度质量保留金按设计费的3%-5%扣留。这一条款说明了在水电建设工程中，质量保证金的比例可以在3%至5%的范围内，由项目法人根据具体情况进行扣留。

二. 保证金收取的合法性及原则

• 根据《保障中小企业款项支付条例》第十二条，除依法设立的投标保证金、履约保证金、工程质量保证金、农民工工资保证金外，工程建设中不得收取其他保证金。同时，保证金的收取比例应当符合国家有关规定，这进一步强调了保证金收取的合法性和规范性。

三. 实际应用中的灵活性

• 在实际操作中，工程质量保证金的具体比例通常由合同双方根据工程规模、难易程度、风险大小等因素进行协商确定，并在合同中明确约定。因此，在实际应用中，保证金比例可能因项目而异，既可能是3%，也可能是5%，或者在这个范围内其他任何比例。

综上所述，工程质量保证金的比例并非固定为5%或3%，而是可以在3%至5%的范围内由合同双方根据具体情况进行约定。我建议你在签订工程合同时，应明确约定保证金的比例、扣留方式及返还条件等，以确保双方权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。