交管12123APP能处理扣分的违章，但有一定限制。具体来说，它可以处理本人名下或非本人名下已备案的机动车的非现场违法行为，这些违法行为包括警告或200元以下，记分为6分（含）或9分（含）以下的罚款。但请注意，如果是处理非本人已备案的机动车有记分的非现场违法行为，那么该违法行为必须是在备案日之后发生的才能进行处理。

在处理过程中，用户需要选择待处理的违法记录，然后选择本人名下机动车或备案非本人机动车。如果选择备案非本人机动车，需要按要求进行机动车登记备案。之后，用户可以阅读并同意违法处理业务须知，进入待处理违法记录确认及缴款方式选择页面，选择合适的支付方式完成支付。

总的来说，交管12123APP提供了一个便捷的平台来处理交通违法行为，但用户在使用时也需要了解其处理范围和流程。