二维码付款确实可以申请凭证，但这主要取决于具体的支付平台和场景。

以微信支付为例，在一些特定的服务场景中，比如办理出入境证件，警方会在办证回执单上打印二维码，申请人扫码支付后，如果需要缴费收据，可以前往人工收费窗口领取。这就说明，在这种场景下，二维码付款后是可以申请到凭证的。

另外，如果是在医保码的使用场景下，医保码（医保电子凭证）本身就可以作为参保人在全国范围内享受医保政策待遇、开展医保业务的电子“身份证”。在使用医保码进行扫码缴费时，这个缴费行为本身就会在医保系统中留下记录，这些记录就可以作为缴费的凭证。

总的来说，二维码付款后能否申请凭证，以及如何申请凭证，主要取决于具体的支付平台和场景。如果您需要更具体的指导，建议您直接咨询相关支付平台或服务机构。