个人所得税年度汇算清缴后纳税额为零，通常不会影响摇号。摇号一般与个人的购车资格、社保缴纳情况、是否有违章记录等因素相关，而与个人所得税的缴纳情况不直接挂钩。不过，具体是否会影响摇号，还需参考当地摇号政策的具体规定。

以北京为例，根据《北京市小客车数量调控暂行规定》及其实施细则，摇号资格主要与申请人的户籍、驾驶证、社保缴纳情况等因素有关，并未提及个人所得税的缴纳情况作为摇号资格的条件。因此，在北京地区，个人所得税年度汇算清缴后纳税额为零，不会影响摇号资格。

但请注意，不同地区的摇号政策可能有所不同。如果您担心自己的个人所得税缴纳情况会影响摇号，建议您查阅当地摇号政策的具体规定，或咨询当地相关部门以获取准确信息。如有其他法律疑问，也可以直接向我咨询。