关于您提出的“个人所得税退税了还能学分摇号吗”的问题，这主要取决于您的退税情况是否影响了您在北京连续缴纳个人所得税的记录。
首先，根据《<北京市小客车数量调控暂行规定>实施细则(2020年修订)》的相关规定，持有效《北京市居住证》的非本市户籍人员，需要近五年（含）连续在本市缴纳社会保险费和个人所得税，才有资格申请小客车配置指标。这里的“连续缴纳个人所得税”是指从申请年的上一年开始往前推算连续五年，每年在京缴纳个人所得税，且纳税额大于零。可以断月，但不能断年。
接下来，我们分析退税对您个税记录的影响：
如果您的退税税额大于或等于退税当年全年的实缴税额，这将导致退税当年的纳税额等于零或小于零，从而造成个税断年。在这种情况下，您的个税纳税记录将在下年重新累计，这会影响到您申请小客车指标的资格。
如果您的退税税额小于退税当年全年的实缴税额，那么退税当年的纳税额仍然大于零，这不会影响您的个税纳税记录，它将正常累计。在这种情况下，您仍然有资格申请小客车指标。
因此，如果您计划申请小客车指标，并且担心退税会影响您的资格，建议您在向税务部门申请退税前，先确认您的退税情况是否会导致个税断年。如果会，您可以考虑放弃退税，以确保您的个税记录不会因此中断，从而保持您申请小客车指标的资格。
总的来说，退税是否会影响您申请小客车指标的资格，取决于退税后您的个税记录是否仍然满足连续五年的要求。希望这个解答能够帮助您更好地理解相关政策，并做出明智的决策。