在不考虑特殊因素，如五险一金的扣除比例、专项附加扣除等情况下，月薪为5万元的员工，其应缴纳的个人所得税为10745元。

这个计算是基于国家税务总局的相关规定以及《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》。具体来说，应纳税所得额是通过扣除基本扣除金额（目前为5000元）后得到的，然后根据应纳税所得额所在的税率区间，乘以相应的税率，并减去速算扣除数，得出应缴纳的个人所得税。

对于月薪5万元的员工，其应纳税所得额（假设没有其他扣除项）为50000-5000=45000元。根据个人所得税税率表，45000元属于第三档税率区间（超过36000元至144000元的部分），税率为25%，速算扣除数为2660。但考虑到实际计算中的细节，如月税率和速算扣除数的具体应用，最终得出的税额为10745元。

需要注意的是，这只是一个基本的计算示例，实际应缴纳的个人所得税可能会受到多种因素的影响，包括五险一金的扣除、专项附加扣除、其他免税收入或减税政策等。因此，在具体计算个人所得税时，建议根据个人实际情况进行详细的计算和申报。