亲子鉴定，在司法实践中，主要是通过比对和分析相关个体的遗传物质，以确定他们之间是否存在生物学上的亲子关系。亲子鉴定主要检查的是DNA序列的相似性，具体来说，会检查以下几个关键方面：

1. 遗传标记的比对：

   • 亲子鉴定会分析多个遗传位点，这些位点上的遗传标记在个体间具有差异性，但在亲子之间会表现出一定的遗传规律。
   • 通过比对被鉴定人与疑似亲生的父母在这些遗传位点上的标记，可以评估他们之间是否存在亲子关系。

2. DNA序列的相似性：

   • DNA是遗传信息的载体，亲子之间的DNA序列在很大程度上是相似的。
   • 亲子鉴定会利用先进的分子生物技术，如PCR扩增、测序等，来检测并分析DNA序列的相似性。

3. 排除非亲生的可能性：

   • 除了确认亲子关系外，亲子鉴定还能有效地排除非亲生的可能性。
   • 如果被鉴定人与疑似亲生的父母在遗传标记或DNA序列上存在显著差异，那么可以排除他们之间的亲子关系。

4. 遵循严格的鉴定程序：

   • 亲子鉴定需要遵循严格的鉴定程序，包括样本采集、样本处理、数据分析等多个环节。
   • 每个环节都需要严格的质量控制，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。

综上所述，亲子鉴定主要检查的是遗传标记的比对、DNA序列的相似性，以及通过排除法来确定亲子关系的存在与否。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。