C1驾照和摩托车驾照在初次申请时是不能合并的，但可以在考取其中一个驾照后，满足一定条件下再增驾另一个，最终实现两者合并。

首先，根据相关规定，初次申请驾照时，申请人不能同时申请两种不同类型的机动车驾驶证。这是因为不同类型的车辆在操作方式、驾驶习惯和交通规则应用上都存在差异，同时学习两种驾照可能会导致学员精力分散，增加道路安全隐患。

然而，如果你已经持有C1驾照，并且满足一定条件（如C1驾照使用期限满12个月以上，且在最近一个记分周期内无记满12分记录），你是可以申请增驾摩托车驾照的（D、E、F类）。反之，如果你先考取了摩托车驾照，同样满足条件后也可以增驾C1驾照。

增驾后的驾照会进行合并，比如C1和D合并后就是C1D驾照。但需要注意的是，合并后的驾照分数仍然是12分，并不是24分。同时，无论你是否合并了驾照，开摩托车违法都会影响到你的C1驾照，因为扣分都会记在你的唯一驾照上。

最后，驾照的换证时间是以你最先取得的驾照的拿证日期为准的。如果你先取得C1驾照，后来增驾了D驾照，那么你的驾照换证日期还是以你C1驾照的拿证日期为准。

综上所述，C1驾照和摩托车驾照在初次申请时不能合并，但可以通过增驾的方式实现合并。合并后的驾照分数仍然是12分，且开摩托车违法会影响到你的C1驾照。