职务犯罪案件办理中存在的问题确实复杂且多样，涉及从侦查、起诉到审判、执行的各个环节。以下是对这些问题的详细梳理和分析：
一、侦查阶段的问题
取证不全面：
- 侦查机关在取证时往往侧重于收集足以定案的证据，而忽视了对被告人有利的情节，如自首、检举等，这影响了案件的公正性和审判质量。
赃款赃物处理不当：
- 职务犯罪案件中，赃款赃物在侦查阶段即开始追缴，但相关办案机关往往不将其移送法院，导致庭审阶段举证、质证、认证工作难度加大。
侦查手段与技术落后：
- 面对职务犯罪隐蔽化、智能化的趋势，传统侦查手段已难以满足需求，急需引入先进技术和手段。
二、起诉阶段的问题
分案起诉增加难度：
- 检察机关有时会将同一案件分案起诉，这不仅增加了诉讼成本，还增加了审理难度，因为审判人员无法全面分析案情，可能导致错误判决。
起诉材料不完整：
- 检察院在起诉时往往忽视了对被告人有利情节的表述，如自首等，这影响了案件的公正审判。
三、审判阶段的问题
社会关注度过高：
- 职务犯罪案件往往受到较高的社会关注，过多的关注甚至干预会妨碍审判工作，影响审判的独立性和公正性。
证据认定困难：
- 由于侦查阶段取证不全面或证据处理不当，审判人员在证据认定上可能面临困难，影响案件的准确判决。
四、执行阶段的问题
财产刑执行难：
- 由于犯罪人财产状况复杂且可能存在隐匿、转移财产的情况，加之执行机关强制执行手段有限，导致财产刑难以有效执行。
行刑衔接不畅：
- 从侦查到执行各环节之间缺乏顺畅的衔接机制，判决内容与实际执行情况脱节，影响执行效果。
五、综合问题与建议
法律法规不完善：
- 部分法律规定对于新型职务犯罪及犯罪所得的认定和追缴存在模糊之处，需要立法机关及时更新和完善相关法律法规。
司法机关协作不畅：
- 与其他司法机关之间的信息共享不及时、沟通不畅，影响了司法程序的效率和效果。
针对上述问题，建议采取以下措施：
- 完善法律法规：明确新型职务犯罪的认定和追缴标准，提供明确的法律指引。
- 加强侦查工作：引入先进技术和手段，提高侦查效率和准确性；全面、完整地收集证据，确保案件的公正审判。
- 改进起诉方式：避免不必要的分案起诉，减少诉讼成本和审理难度。
- 保障审判独立：减少外部干预，确保审判工作的独立性和公正性。
- 加强执行工作：完善财产刑执行机制，加强行刑衔接；提高执行人员的专业素养和执行能力。
- 加强司法机关协作：建立健全信息共享和沟通机制，提高司法程序的效率和效果。
综上所述，职务犯罪案件办理中存在的问题需要综合考虑并采取有效措施加以解决，以确保案件的公正、高效处理。