合作社设施农用地是否可以建房，这个问题涉及到设施农业用地管理的相关规定。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确设施农用地的定义和用途。设施农业用地是指农业生产中直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地，这包括作物生产和为生产服务的看护房、农资农机具存放场所等，以及与生产直接关联的烘干晾晒、分拣包装、保鲜存储等设施用地。这类用地属于农业内部结构调整，可以使用一般耕地，不需落实占补平衡。如果种植设施不破坏耕地耕作层，甚至可以使用永久基本农田，不需补划。

接下来，我们来看关于在设施农用地上建房的具体规定。根据上述设施农业用地管理的相关规定，当在耕地上建设的设施与农业生产直接关联时，所使用的土地可以为设施农用地。这种情况下，仅涉及农业内部结构调整，不涉及土地性质的变更，其性质不同于非农业建设项目用地，应按农用地管理，也不涉及农用地转为建设用地。

因此，合作社在设施农用地上建房，如果是为了农业生产需要，如看护作物、存放农具等，并且符合设施农业用地的管理要求，那么是可以进行的。但需要注意的是，这种建房行为必须严格遵守相关规定，不得超出设施农业用地的范围，也不得改变土地性质或用于非农业生产目的。

最后，需要强调的是，虽然设施农用地上可以建房，但在实际操作中还需要考虑当地的具体政策和规定。因为不同地区可能会有不同的土地管理政策和规划要求，所以在建房前最好先咨询当地相关部门或专业人士，确保建房行为符合当地政策和法规的要求。

综上所述，合作社设施农用地在符合相关规定和要求的条件下是可以建房的，但具体还需根据当地政策和法规进行具体操作。