医保报销的金额并不是直接扣除医保卡余额。这里需要明确几个与医保报销相关的概念来帮助您更好地理解：
统筹基金支付：这是实际发生的医疗费用中，按规定由医保统筹基金支付的金额，也就是我们通常所说的医保报销的金额。
政策范围内费用：这是参保人发生的符合基本医疗保险支付范围内的医疗费用。医保统筹基金会按一定比例支付参保人这部分医疗费用，比例越高，能报销的钱就越多。
起付线（或称为“扣除保险”）：这是医保统筹基金对参保人发生的属于政策范围内医疗费用进行补偿的计算起点。在该起点以下的医疗费用，医保统筹基金是不予支付的。只有当医疗费用超过这个起付线时，超出部分才能按照规定的报销比例进行报销。
基金最高支付限额：这是医保统筹基金对参保人一个医保年度内发生的属于政策范围内医疗费用进行补偿的最高限额。超过这个限额的部分，统筹基金将不再支付。
当您使用医保卡就医时，医保系统会自动计算出哪些费用属于统筹基金支付的部分，哪些费用属于您个人需要承担的部分。统筹基金支付的部分会由医保部门与定点医疗机构进行结算，而您个人仅需要支付自己应当负担的医疗费用。这部分个人费用可以选择使用医保卡余额支付，也可以选择使用现金支付。
因此，医保报销的金额并不是直接扣除您的医保卡余额，而是由医保统筹基金单独支付。您在使用医保卡就医时，只需支付个人应当负担的部分即可。希望这个解释能够帮助您更好地理解医保报销的流程。