商业发票需要加盖的是发票专用章。根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的规定，开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。这是发票合规性的重要要求，也是保证发票法律效力的关键。

具体来说，对于纸质版发票，无论是普通发票还是专用发票，都需要在发票联和抵扣联（如有）加盖发票专用章。而对于电子发票，特别是全电发票和增值税电子专用发票，由于它们采用电子签名代替发票专用章，因此不需要额外加盖发票专用章。但是，对于增值税电子普通发票，如果其右下角有“销售方(章)”的字样，或者开票品名栏是“货物或者应税劳务、服务名称”，则仍然需要加盖发票专用章。

此外，还需要注意的是，发票专用章必须清晰可辨，不能模糊或重叠。如果发票专用章盖得不清晰，收票方有权要求开票方重新开具发票。同时，发票上不能同时加盖多个印章，如发票专用章、财务专用章或公章等，否则也会影响发票的合规性和法律效力。

总的来说，商业发票需要加盖发票专用章，这是发票合规性和法律效力的基本要求。在实际操作中，应根据发票的具体类型和规定进行加盖，并确保印章的清晰和唯一性。