医院检查视力和眼镜店验光配镜之间确实存在显著的差异，这些差异主要体现在验光标准、验光设备、验光流程以及配镜效果上。

首先，从验光标准来看，医院进行的医学验光更为全面和深入。它不仅检查视力情况，还会详细评估眼部健康，排除斜视、弱视、角膜炎等潜在眼部疾病。而眼镜店的普通验光则相对简单，往往只关注屈光度数，容易忽略眼部疾病，从而可能错过最佳治疗时机。

其次，验光设备方面，医院通常配备有先进的眼科检查设备，如角膜地形图、眼压仪、裂隙灯、角膜曲率仪等。这些设备能够更精确地测量眼部参数，为验光提供准确的数据支持。而眼镜店则可能只配备基本的视力表和电脑验光仪，设备相对简单。

在验光流程上，医院遵循严格的医学验光流程，包括眼部视功能的全面检查、屈光状态的评估以及双眼视功能的检查等。这一流程确保验光结果的准确性和科学性。而眼镜店的验光流程则相对简单，可能只包括测裸眼视力、电脑验光和镜片箱试片等步骤，缺乏完整的验光流程。

最后，从配镜效果来看，医院根据医学验光结果和双眼视功能评估，能够给出更准确的眼镜处方。这确保眼镜不仅看得清晰，还能确保佩戴的舒适性和持久性，有助于减缓近视的发展。而眼镜店由于验光流程和设备的限制，可能无法提供同样准确的配镜效果，容易出现度数不准、过矫或欠矫等问题，影响佩戴体验。

综上所述，医院检查视力和眼镜店验光配镜之间存在显著差异。为了确保验光结果的准确性和配镜效果，特别是对于青少年儿童等视力发育关键时期的人群，建议优先选择到医院进行医学验光配镜。