当发票金额比实际支付的金额大时，增值税的计算和处理需要依据具体情况来定。以下是根据不同情况给出的详细解答：

一、供应商随货开具发票，实际验收货物有短少

如果供应商随货开具了发票，但在实际验收货物时，发现货物数量或质量有少许短少，导致实际结算金额小于发票金额，且供应商不愿重开发票，那么可以按照以下方式处理：

1. 增值税专用发票的处理：

   • 正常认证抵扣增值税专用发票的税额。
   • 对扣款部分对应的进项税额做转出处理，即这部分税额不能用于抵扣。

2. 税前扣除凭证的处理：

   • 该发票可以作为税前扣除凭证，但少付款部分的金额需要从税前扣除的总额中剔除。

二、员工出差费用超过报销标准

如果单位职工出差时发生的费用超过了企业的报销标准，比如乘坐了更高档次的高铁、飞机或入住了更高星级的酒店，实际报销时只能按照企业报销标准予以报销，多出部分的金额由员工个人承担。对于这类发票：

• 增值税进项税额抵扣和企业所得税的税前扣除也只能按照实际报销金额为准。
• 员工个人承担的部分不得抵扣进项税额，也不得税前扣除。

三、供应商多开发票，属于虚开发票

如果供应商多开发票，且这种行为被认定为虚开发票，则该发票既不能作为进项税额的抵扣凭证，也不能作为税前扣除凭证。在这种情况下，需要采取相应措施纠正错误，并可能涉及法律责任。

四、会计分录处理

对于采购货物或费用发票多开的情况，会计分录处理如下：

1. 采购货物发票多开：

   • 借：原材料/库存商品等（实际入库金额）
   • 应交税费—应交增值税（进项税额）（发票显示或计算的进项税额）
   • 贷：银行存款/应付账款等（实际付款金额）
   • 应交税费—应交增值税（进项税额转出）（发票少付款对应的进项税额）

2. 交通费、住宿费等金额多开：

   • 借：管理费用/销售费用等（实际报销金额）
   • 应交税费—应交增值税（进项税额）（发票显示或计算的进项税额）
   • 贷：银行存款/其他应收款等（实际付款金额）
   • 应交税费—应交增值税（进项税额转出）（发票少付款对应的进项税额）

综上所述，当发票金额比实际支付的金额大时，增值税的计算和处理需要根据具体情况进行。如果是由于货物短少或报销标准限制导致的差额，可以按照相关规定进行税务处理；如果是虚开发票，则需要采取相应措施纠正错误并可能涉及法律责任。在处理过程中，应确保会计分录的准确性和合规性。