结论前置：境外公司持有国内公司的股权转让涉及的企业所得税，一般税率为10%，但可能受税收协定（安排）影响而有所调整。应纳税所得额由股权转让收入减除股权净值确定，扣缴义务人为股权受让方。

详细分析：

1. 纳税义务与税率：

   • 境外企业转让境内企业股权，属于来源于中国境内的所得，应依法缴纳企业所得税。
   • 对于非居民企业在中国境内未设立机构、场所，或虽设立但所得与机构无实际联系的，其来源于中国境内的所得，税率为20%，但实际减按10%的税率征收。
   • 若境外企业所在国家（地区）与中国签订了税收协定（安排），并满足协定规定的条件，则可能享受更低的税率甚至免税待遇。

2. 应纳税所得额的确定：

   • 应纳税所得额是股权转让收入减除股权净值后的余额。
   • 股权转让收入包括货币形式和非货币形式的各种收入，即股权转让人因转让股权而收取的全部对价。
   • 股权净值指取得该股权的计税基础，通常是股权转让人投资入股时或购买股权时实际支付的出资成本，以及后续可能产生的相关税费和支出。

3. 扣缴义务人：

   • 股权受让方为扣缴义务人，负责在每次支付或到期应支付款项时，从支付或到期应支付的款项中扣缴企业所得税。

4. 特殊情况与税务优化：

   • 对于特殊类型的企业（如高新技术企业、外资企业等），或存在特殊的税收协定、优惠政策的情况，税务处理方式可能会有所不同。
   • 在进行股权转让前，建议进行全面的税务筹划和分析，以确保合规并优化税负。

5. 案例分析：

   • 假设境外A公司将其持有的境内B公司股权以1000万元的价格转让给境内C公司，A公司取得该股权时的成本为600万元。若A公司所在国家与中国没有税收协定优惠，则C公司作为扣缴义务人应扣缴的企业所得税计算如下：
     • 应纳税所得额 = 股权转让收入 - 股权净值 = 1000 - 600 = 400万元
     • 应扣缴企业所得税 = 应纳税所得额 × 税率 = 400 × 10% = 40万元

总结与建议： 境外公司持有国内公司的股权转让涉及的企业所得税问题较为复杂，需综合考虑税率、应纳税所得额、扣缴义务人以及特殊情况等多个方面。因此，在实际操作中，建议提前咨询专业税务顾问或律师，如本人，以确保合规并优化税务负担。同时，注意保留相关凭证和文件，以备税务机关核查。