医保诈骗案的涉案金额，通常是根据诈骗行为所非法获取或意图非法获取的医保基金数额来计算的。这一计算过程涉及对诈骗行为的详细调查和审计，以确定诈骗者通过虚假报销、虚开处方、冒用他人身份等手段骗取医保基金的具体金额。

以您提供的案例为例，江西赣州某村卫生室负责人肖某通过利用亲友社保卡虚开门诊处方进行报销，骗取了医保基金3.8万元。这3.8万元就是该医保诈骗案的涉案金额。它是通过调查核实肖某虚开处方的人次数、每次处方的费用以及总报销金额等具体细节来得出的。

在计算涉案金额时，相关部门会仔细审查所有与诈骗行为相关的财务记录、报销单据、医疗记录等证据材料，以确保计算的准确性和公正性。同时，也会考虑诈骗行为的持续时间、频率以及诈骗手段等因素，以全面评估诈骗行为的严重性和影响范围。

总之，医保诈骗案的涉案金额是根据诈骗行为所非法获取或意图非法获取的医保基金数额来确定的，这一数额是通过对诈骗行为的详细调查和审计得出的，并作为对诈骗者进行法律追究和处罚的重要依据。