您好，对于您提出的“双重户籍注销一个，户籍系统会比对出来吗”的问题，我可以给您一个清晰的解答。

首先，公安机关在户籍管理方面有着严格的规定和流程，旨在确保户籍信息的准确性和唯一性。当存在双重户籍的情况时，公安机关会依据“去伪存真”的原则进行调查核实。这一过程中，会涉及对户籍信息的全面比对和分析，以确定哪个户口是真实、合法且长期使用的。

具体来说，公安机关会调查核实两个户口的来历、依据以及办理过程等，凡事实清楚、证据充分的户口会被保留，而来历不明、依据不足或违规办理的户口则会被注销。这一过程中，户籍系统自然会比对出相关信息，以确保处理的准确性和公正性。

因此，您可以放心，如果存在双重户籍的情况，公安机关会通过户籍系统的比对和调查核实，来确保最终保留的户口是真实且合法的。同时，当长期使用的重复（虚假）户口被注销后，公安机关还会依规出具重复（虚假）户口注销证明，为您办理其他社会事务提供方便。

总的来说，户籍系统会比对出双重户籍的信息，并根据相关规定和流程进行处理，以确保户籍信息的准确性和唯一性。如果您发现自己或他人存在双重户籍的情况，建议及时向当地公安机关反映并配合处理。