医疗保险建档立卡户的报销比例因地区和具体政策而异。以甘肃省甘南州为例，建档立卡户在州内和州外、省外的医疗机构进行住院治疗，其报销比例是有所规定的。

一、基本医疗保险报销政策

对于甘南州建档立卡户：

• 州内报销政策：

  • 一级医疗机构：起付线100元，报销比例95%；
  • 二级医疗机构：起付线200元，报销比例93%；
  • 三级医疗机构：起付线600元，报销比例88%。

• 州外、省外报销政策（需按照异地就医备案类别结算）：

  • 无论一级、二级还是三级医疗机构，其起付线和报销比例均与州内保持一致。

二、大病保险报销政策

对于建档立卡户，除了基本医疗保险报销外，还有大病保险报销政策。在按基本医保政策报销后，个人自付医疗费用超过大病保险起付线以上部分可纳入大病保险报销范围。具体政策会根据地区有所差异，但通常会给予一定比例的报销。

三、医疗救助政策

对脱贫人口（建档立卡户），甘南州还继续按照60%比例实行救助，具体救助限额如下：

• 普通疾病年度救助限额为5万元；
• 重特大疾病年度救助限额为8万元。

四、注意事项

• 异地就医时，需按规定办理省内或跨省异地备案手续，以确保报销比例不降低。
• 若未办理异地转诊、备案手续而私自在异地定点医疗机构就医住院，报销比例可能会降低。

另外，您提到的“农村建档立卡医疗保险报销比例多少”这一问题，实际上医疗保险报销的比例并不仅仅与是否是农村建档立卡户有关，而是根据农村居民和城镇职工来划分的，并且具体比例会因地区和政策的不同而有所差异。因此，在了解具体报销比例时，需要参考当地最新的医保政策。

综上所述，医疗保险建档立卡户的报销比例是一个复杂的问题，需要根据具体的地区和政策来确定。建议您咨询当地的医保部门或相关机构以获取最准确的信息。