关于发票作废时是否会被扣款以及扣款的具体金额，这并非一个固定的情况，而是需要根据实际情况和相关法律法规来进行判断。
首先，我们要明确的是，发票作废本身并不直接导致扣款。然而，如果在发票作废的过程中存在违规行为，比如未按规定保管发票，导致发票联次缺失，那么就可能面临税务机关的处罚。
根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，发票作废时应完整保存所有联次。如果发票作废时缺少一联，即被认定为未按照规定保管发票的行为，税务机关有权责令改正，并可以依法进行处罚。具体的罚款金额并非固定，而是由税务机关根据实际情况和税收法规进行裁量决定。
一般来说，罚款金额会受到以下因素的影响：
情节轻重：如果是偶尔一次因疏忽导致，并且纳税人及时向税务机关说明情况、积极配合处理，罚款金额可能会较低，甚至在税务机关责令改正后免于罚款。但如果多次出现或者存在故意隐匿、损毁等恶意行为，罚款金额可能会较高。
企业过往纳税信用：对于过往纳税信用良好、无其他税务违规记录的企业，税务机关在裁定罚款时可能会酌情从轻处罚。而对于纳税信用较差、有多次税务违规记录的企业，处罚可能会相对更重。
因此，无法直接给出发票作废一张会扣多少钱的确切答案。为避免不必要的法律风险和经济损失，建议严格遵守相关税收法规和规定，确保发票的完整性和合规性。如果不幸遇到问题，应及时咨询当地税务机关或专业律师，了解具体的法律风险和应对措施。