困难企业土地使用税的减免是一个涉及多个方面的复杂问题，其计算方式和申请流程均受到特定政策和规定的影响。以下是对该问题的一个清晰、详细且有深度的解答：
一、政策依据及减免条件
首先，根据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》以及相关的税收优惠政策，缴纳城镇土地使用税确有困难的纳税人可以获得减免税的优惠。这些困难通常包括但不限于：
- 企业经营严重困难，如连续多年亏损，或处于停产、半停产状态，这通常需要提供财务报表、审计报告等作为证明材料。
- 企业受到不可抗力如自然灾害的影响，导致重大损失，此时需要提供受灾证明、损失评估报告等。
- 宏观经济政策调整，如行业受限或市场环境变化导致企业成本上升，这也可能作为申请减免的理由，并需要提供相关政策文件、市场调研报告等作为佐证。
此外，还有一些特定的法律状态也可能导致土地使用税的减免，如企业资产不足清偿债务且进入破产程序，或因歇业、改制等原因进入清算程序，且土地处于闲置状态。
同时，也需要注意存在一些不得享受减免的情形，例如从事限制或不鼓励发展的产业，或开发非保障性房地产项目等。
二、减免额度的计算
关于减免额度的具体计算，这通常需要根据企业的实际困难情况和税务机关的审核结果来确定。在大连市，根据税务局的公告，对于符合困难减免税情形的纳税人，税务机关核准的困难减免税合计额不超过纳税人申请减免税款所属年度的亏损额。
三、申请流程
- 准备材料：企业需要准备一系列的材料，包括减免税申请报告、财务报表、相关证明材料（如停产证明、受灾证明等）以及土地使用证或其他权属证明。
- 提交申请：将准备好的申请材料提交至当地主管税务机关，并注意申报的期限。
- 税务机关审核：税务机关会对申请材料进行初审，核实材料的真实性和完整性。在必要时，税务机关可能还会实地走访了解企业的经营情况。之后，会按规定程序上报和审批，这可能涉及多个部门的会签。
- 审批结果通知：一旦审批完成，税务机关会通知企业审批结果。如果申请获得批准，企业就可以按照批准的内容享受减免优惠。
四、注意事项
在申请土地使用税减免的过程中，企业还需要注意以下几点：
- 确保提供的材料真实有效，避免弄虚作假，否则可能会面临追缴税款和处罚的风险。
- 密切关注政策的变化和税务机关的要求，因为减免优惠是有期限的，且不同地区之间的政策和流程可能存在差异。
- 在享受减免的同时，应按时足额缴纳其他应缴税款，遵守税收法规。
- 遇到困难时应及时申请减免，以免错过申请时机。
综上所述，困难企业土地使用税的减免是一个涉及多个环节和方面的复杂问题。企业需要充分了解相关政策和规定，准备充分的证明材料，并严格按照申请流程进行操作，以确保申请的成功和合规性。