车辆存在违章时，是否能进行年检取决于违章的处理情况。

首先，对于免检车辆，如9座（包含9座）以下的非营运小微型载客汽车等，在规定的免检周期内，如第2年、第4年、第8年，车主只需通过“交管12123”APP在线申领免检车检验标志，而无需上线检验。然而，如果车辆存在未处理的违章，可能会影响免检标志的申领。因此，在这些免检周期内，车主应确保车辆没有未处理的违章，以便顺利申领免检标志。

对于非免检车辆或需要上线检验的车辆，如第6年、第10年及以后的年检，以及不属于免检范围的车辆，如果车辆存在未处理的违章，通常是不能通过年检的。因为年检时，车辆管理所或机动车安全技术检验机构会对车辆的各项性能指标进行检查，并核查车辆的违章记录。如果发现有未处理的违章，会要求车主先处理违章，然后再进行年检。

因此，为了确保车辆能够顺利通过年检，车主应提前查询并处理车辆的违章记录。可以通过“交管12123”APP、当地交警部门的官方网站或窗口进行查询和处理。处理完违章后，再按照规定的年检周期和流程进行年检，以确保车辆的合法上路和安全行驶。