机动车违法扣分后，消除扣分的流程主要如下：

首先，您需要确认自己的违章记录。这可以通过多种方式查询，例如到各市各区县交通支大队的办公大厅通过触摸查询终端查询，或者登陆各市公安局公安交通管理局的对外服务网站进行查询，输入车牌号和车辆发动机号即可。另外，您也可以通过拨打声讯电话或编写手机短信来查询违章记录。

确认违章记录后，接下来就是处理违章。您需要拿着驾照、身份证、行驶证到违章处理大厅，等待叫号。当轮到您时，将证件交给工作人员，他们会调出您的违法信息让您确认。确认无误后，工作人员会给您打印处罚决定书。

拿到处罚决定书后，您需要到指定的银行缴纳罚款。注意，这个罚款必须在规定期限内缴纳，否则可能会产生滞纳金，且滞纳金的总额不能超过罚款的总额。缴纳罚款后，您的违章记录就会消除，同时所扣的分也会在下一个记分周期清零。

需要注意的是，驾驶证的记分周期是每年为一个周期，从发生日期算起。如果一个周期内扣分未达到12分，并且罚款已经缴纳，那么扣分会在下一个记分周期自动清零。但如果一个周期内扣分达到或超过12分，那么您需要去参加学习考试，考试合格后才能清零扣分。

总的来说，机动车违法扣分后，需要及时查询并处理违章记录，缴纳罚款，然后等待下一个记分周期扣分自动清零。同时，驾驶人也应该遵守交通规则，谨慎驾驶，避免违章行为的发生。