总公司与分公司的企业所得税汇算清缴是一个涉及多个步骤和规定的过程。以下是对这一流程的详细解答：

一、汇算清缴的基本原则

根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》，跨地区经营的企业（即总公司下设跨地区的分支机构）需遵循“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的原则进行企业所得税的征收管理。

二、汇算清缴的先后顺序

1. 总公司先办理汇算清缴：

   • 总公司需汇总计算企业年度应纳所得税额，这包括总公司和各分支机构的经营所得。
   • 扣除总机构和各分支机构已预缴的税款后，计算出应缴应退税款。

2. 分支机构根据规定办理汇总纳税：

   • 分支机构不单独进行所得税的计算，而是根据总公司计算的分摊应缴应退税款，就地办理税款缴库或退库。
   • 不论分支机构是否独立核算，均不改变其汇总纳税的方式。

三、分支机构的特殊情况

某些特定类型的分支机构不就地分摊缴纳企业所得税，包括：

• 不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的内部辅助性分支机构。
• 上年度认定为小型微利企业的分支机构。
• 新设立的分支机构在设立当年。
• 当年撤销的分支机构自办理注销税务登记之日起。
• 在境外设立的不具有法人资格的分支机构。

四、汇算清缴的具体流程

1. 准备申报材料：

   • 总公司和分支机构需准备相关财务报表、税务资料等。

2. 进行年度纳税申报：

   • 通过电子税务局进行网上申报，或携带相关资料到办税服务厅办理。
   • 申报时需选择适用的企业所得税汇缴申报表，如《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表(A类)》及相关附表。

3. 数据预填与风险扫描：

   • 系统会根据财务报表自动预填部分申报数据，纳税人可对预填数据进行修改。
   • 纳税人可选择进行税收政策遵从风险扫描，根据扫描结果修改报表内容。

4. 提交申报并处理结果：

   • 完成申报表填报后提交申报，系统可能会提示进行风险扫描。
   • 根据扫描结果，纳税人可选择修改表单或继续申报。
   • 如发现申报有误，可在规定时间内进行更正申报。

5. 税款缴库或退库：

   • 根据汇算清缴结果，总公司和分支机构需就地办理税款缴库或退库手续。

五、其他注意事项

• 纳税人应如实填报企业所得税年度纳税申报表，并对内容的真实性和合法性承担法律责任。
• 如产生多缴税款，应及时申请退税；如预缴税款少于应缴税款，应在汇算清缴期内结清应补缴税款。
• 高新技术企业等特定纳税人需取得相应资质后方可享受税收优惠。

综上所述，总公司与分公司的企业所得税汇算清缴是一个涉及多个环节和规定的复杂过程。纳税人需严格按照相关规定进行申报和缴税，以确保合规并享受相应的税收待遇。