工资每月超过5000元，其个人所得税的扣缴方式是按月预扣预缴，并在年度终了后进行汇算清缴。具体说明如下：

1. 预扣预缴：

   • 对于居民个人，工资、薪金所得按月进行预扣预缴。单位在发放工资时，会按照累计预扣法计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。
   • 计算公式为：本期应预扣预缴税额 =（累计预扣预缴应纳税所得额×预扣率 - 速算扣除数）- 累计减免税额 - 累计已预扣预缴税额。其中，累计预扣预缴应纳税所得额 = 累计收入 - 累计免税收入 - 累计减除费用（按5000元/月乘以任职受雇月份数计算） - 累计专项扣除 - 累计专项附加扣除 - 累计依法确定的其他扣除。

2. 汇算清缴：

   • 年度终了后，居民个人需要将全年取得的综合所得合并计算应纳个人所得税，再减去已预扣预缴税额，得出应退或应补税额，并向税务机关申报办理退税或补税。
   • 如果全年综合所得收入额不超过6万元且已预缴税款的，可以通过简易申报方式办理年度汇算退税。

3. 特殊情况：

   • 若居民个人全年收入不超六万，且符合上年全年在职且完成预缴申报的条件，可以享受年初一次扣六万的优惠政策。

4. 非居民个人的税务处理：

   • 对于非居民个人，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。若月工资收入超过五千元，超出部分会按照相应的税率在当月进行扣税。

综上所述，工资每月超过5000元，个人所得税并非简单地在当月扣税，而是按月预扣预缴，并在年度终了后进行汇算清缴。具体的扣税金额和方式会依据个人的应纳税所得额、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除来综合计算。如有任何疑问或需要更详细的解答，请直接向我咨询。