针对您提出的“有违章车辆注销怎么处理”的问题，以下是详细的解答流程：
首先，需要明确的是，车辆在注销前，必须处理完所有的道路交通违法行为。这是因为，根据相关规定，机动车在办理注销登记前，需要确保与该车辆相关的所有违法行为和交通事故都已经得到妥善处理。
接下来，我们按照不同的注销情形，详细说明处理流程：
一、机动车达到国家规定的强制报废标准或因其他原因自愿报废：
- 将车辆交售给正规的机动车回收企业，该企业会按规定进行登记、拆解、销毁等处理，并开具《报废汽车回收证明》。
- 机动车回收企业向登记地车管所提交注销申请，包括《报废汽车回收证明》原件、车主身份证明（复印件）、机动车行驶证原件、机动车登记证书原件等材料。
- 登记地车管所审查无误后，会开具《机动车注销证明书》，完成注销登记。
二、机动车因自然灾害、失火、交通事故等原因灭失：
- 机动车所有人需到现场申请注销登记，如因死亡、出境、重病、伤残或者不可抗力等原因不能到场，可以凭相关证明委托代理人代理申请或者由继承人申请。
- 提交机动车所有人的身份证明、机动车登记证书、机动车行驶证以及机动车灭失书面承诺等材料。
- 车管所审查无误后，办理注销登记。
三、机动车因质量问题退车或因故不在我国境内使用：
这两种情形也需要按照相关规定提交相应的证明材料，并到车管所办理注销登记。具体所需材料可咨询当地车管所或查阅相关规定。
此外，还需要注意的是：
- 如果车辆存在被依法查封、扣押或属于被盗抢，以及在抵押登记、质押备案期间等状态，是无法办理报废和注销登记的。
- 对于异地报废的车辆，机动车所有人可以向车辆所在地机动车回收企业交售报废机动车，由车辆所在地机动车回收企业将相关资料提交报废地车辆管理所，机动车所有人可到本市车辆管理所办理注销登记。
综上所述，处理有违章车辆的注销问题，首先需要确保车辆的所有违法行为都已处理完毕，然后根据车辆的实际情况和注销情形，按照相关规定提交相应的证明材料到车管所办理注销登记。希望这个解答能够对您有所帮助。