您好，关于您提出的“有限公司可以注销税务登记证只保留工商执照吗”的问题，我进行了详细的分析和整理，以下是我的解答：

一、明确结论

在一般情况下，有限公司不可以只注销税务登记证而保留工商营业执照。税务登记和工商登记在我国市场主体管理体系中是紧密相连的，当企业办理税务注销登记时，意味着其纳税义务已终结，经营活动也大概率停止。因此，根据相关法律法规，公司解散或终止纳税义务时，应依法同时向税务机关和工商行政管理机关办理注销登记。

二、法律法规依据

1. 《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国税收征收管理法》明确规定，公司解散或终止纳税义务时，需同时办理税务和工商的注销登记。
2. 《中华人民共和国市场主体登记管理条例》也强调，市场主体歇业、终止等都应当办理注销登记，这包括税务和工商两个方面的注销。

三、税务注销与工商注销的关系与风险

1. 关系：税务注销和工商注销是两个相互关联且通常按顺序进行的程序。税务注销是企业向税务机关申报终止纳税义务，而工商注销则是企业向工商行政管理机关申请终止市场经济活动和民事关系。
2. 风险：如果只注销税务而不注销工商，企业可能面临法律处罚，如被列入经营异常名录，甚至被吊销营业执照。此外，还可能影响法定代表人和股东的个人信用记录和未来的商业活动。

四、特殊情形分析

尽管一般情况下不允许只注销税务而保留工商执照，但存在以下特殊情形时，企业可能在税务注销后仍保留工商营业执照：

1. 办理了歇业登记：如果企业在税务注销前已经办理了歇业登记，且在歇业期限内，理论上是可以保留工商营业执照的。待后续准备恢复经营时，企业需按规定办理相关手续。
2. 存在特殊经营需求：某些特定行业或企业可能由于政策要求或经营模式的特殊性，存在税务登记注销但仍需保留工商营业执照的情况。但这种情况较为少见，且需要满足严格的条件和经过特定的审批程序。

五、正确的注销流程建议

为确保企业注销流程的合法性和有效性，建议按照以下步骤操作：

1. 成立清算小组，对公司资产进行清算，并制作清算报告。
2. 在指定媒体上登报公示，宣告公司即将注销。
3. 先向税务机关申报办理注销税务登记，结清应纳税款、滞纳金和罚款等。
4. 随后向工商行政管理机关申请注销营业执照，提交相关文件和证件。
5. 确保在注销完成后妥善保管相关文件和资料，以备未来可能的查询和证明之需。

综上所述，有限公司在一般情况下不可以只注销税务登记证而保留工商营业执照。务必遵循相关法律法规的规定，确保企业注销流程的合法性和有效性。如果您有特殊情况或需要进一步的咨询，请随时与我联系。