房地产企业土地增值税的计算方法主要涉及以下几个步骤和要点：

一、计算扣除项目金额

首先，需要确定可以扣除的项目金额，这些项目包括：

1. 取得土地使用权所支付的金额：即购买土地时支付的费用。
2. 开发土地的成本、费用：包括土地开发过程中的各种支出，如设计费、施工费、材料费等。
3. 新建房及配套设施的成本、费用：或者旧房及建筑物的评估价格。
4. 与转让房地产有关的税金：如营业税、城市维护建设税、教育费附加等。
5. 财政部规定的其他扣除项目：如加计扣除，即“取得土地使用权所支付的金额”和“开发土地的成本、费用”之和的20%（但需注意，此加计扣除并非所有情况都适用，需符合特定条件）。

二、计算增值额

增值额是指纳税人转让房地产所取得的收入减除上述扣除项目金额后的余额。收入包括货币收入、实物收入和其他收入。

三、确定税率和速算扣除系数

土地增值税实行四级超率累进税率：

• 增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%，速算扣除系数为0（或说5%，但在此区间内实际不扣除）。
• 增值额超过扣除项目金额50%、未超过100%的部分，税率为40%，速算扣除系数为5%。
• 增值额超过扣除项目金额100%、未超过200%的部分，税率为50%，速算扣除系数为15%。
• 增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%，速算扣除系数为35%。

四、计算应纳税额

应纳税额可以通过以下公式计算：

• 应纳税额 = 增值额 × 税率 - 扣除项目金额 × 速算扣除系数

或者，根据增值额与扣除项目金额的比例，直接应用简便算法计算。

五、预缴与清算

房地产企业土地增值税一般是采取先预交后清算的方式进行的。预征率一般在2%-4%之间，具体根据地方政策而定。在项目完成后，再进行清算，多退少补。

综上所述，房地产企业土地增值税的计算是一个相对复杂的过程，需要准确计算扣除项目金额、增值额，并正确应用税率和速算扣除系数。同时，还需注意预缴与清算的相关规定。