当您收到虚开的几千元普票并被税务查到时，您需要了解并遵循以下处理流程和建议：

一、了解法律后果

根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票是违法行为，税务机构会对此进行查处。对于虚开普通发票，税务机构会强制没收违法所得，并根据虚开金额的大小处以相应的罚款。若虚开发票的金额在1万元人民币以内，将被视为轻微的违法行为，当事人将被处以最高5万元人民币的罚款；若虚开发票的金额超过1万元，则会被视为严重的违法行为，罚款额度也会相应上升，最高可达50万元人民币。如果行为构成犯罪，相关部门还有权依法追究涉事人员的刑事责任。

二、积极配合调查

1. 在收到税务部门的通知或调查函后，您应积极配合，提供相关资料和说明情况。
2. 如实陈述事实，不要隐瞒或歪曲事实，以免加重法律责任。

三、及时补缴税款和罚款

1. 如果税务部门认定您存在虚开发票的行为，并要求您补缴税款和罚款，您应及时、足额地缴纳。
2. 补缴税款和罚款是减轻法律责任、避免进一步损失的重要措施。

四、加强内部管理和合规意识

1. 对公司内部进行自查自纠，加强财务管理和发票管理，确保今后不再出现类似问题。
2. 提高员工的合规意识，加强对相关法律法规的学习和培训，确保公司业务的合法合规性。

五、寻求专业法律帮助

1. 如果您对税务部门的处理决定有异议或不清楚如何应对，可以寻求专业的法律帮助。
2. 律师或税务专家可以为您提供专业的法律意见和指导，帮助您更好地应对税务问题。

总之，当您收到虚开的几千元普票并被税务查到时，应保持冷静、积极配合调查、及时补缴税款和罚款，并加强内部管理和合规意识。同时，如有需要，可以寻求专业的法律帮助来维护自己的合法权益。