查封车处理违章时，行驶证有可能会被扣留。具体分析如下：

首先，我们要明确的是，车辆被查封并不影响其处理违章的程序。当车辆存在违章行为时，无论车辆是否被查封，车主或驾驶人都有义务按照交通法规的规定去处理这些违章。

在处理违章的过程中，如果车辆存在未处理的违章记录，或者违章行为比较严重（如酒驾、无证驾驶等），交通管理部门有可能会根据相关法律法规的规定，扣留车辆的行驶证作为处罚措施之一。这是为了督促车主或驾驶人及时处理违章，并确保道路交通的安全。

此外，由于车辆已被查封，其行驶证等证件可能已经被相关部门限制使用或冻结。在这种情况下，如果车主或驾驶人试图使用被查封车辆的行驶证去处理违章，也有可能会被交通管理部门扣留。

因此，对于查封车处理违章时行驶证是否会被扣留的问题，我们不能一概而论。这取决于具体的违章情况、车辆被查封的原因以及当地交通管理部门的具体做法。建议车主或驾驶人在处理违章前，先了解清楚车辆被查封的具体情况，以及当地交通管理部门的相关规定，以免因不了解情况而产生不必要的麻烦。

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