机动车限行违章的扣分和罚款标准确实存在地区差异，不同地方根据当地的交通状况和环保需求制定了相应的处罚规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、地区差异与具体处罚标准
仅罚款不扣分的地区：
- 北京（部分情况）：对于未办理进京通行证件的外省、区、市机动车进入特定区域，或违反时间规定的载客汽车，处100元罚款，不记分。但请注意，北京也有其他限行规定，违反这些规定可能会扣分。
- 上海：对违反规定的外省市号牌小客车，采用“电子警察”执法，处200元罚款，不记分。
- 西安（特定情况下）：在西安限行区域内，若违反限行规定，在某些情况下可能只罚款200元，不记分。
既罚款又扣分的地区：
- 河北保定：违反限行规定，处100元罚款，并记3分。
- 河南郑州：违反机动车限行规定，扣1分，并处100元罚款。
- 北京（另一种情况）：根据《北京市实施<中华人民共和国道路交通安全法>办法》的相关规定，驾驶机动车违反禁令标志、禁止标线指示的（即违反限行规定），可能面临处100元罚款，并记3分的处罚。
- 西安、咸阳等地：在这些地区，驾驶当日限号车辆在限号区域通行，也可能面临罚款并扣3分的处罚。
二、一般建议与提醒
- 查阅当地交通法规：由于各地限行规定和处罚标准存在差异，建议车主在出行前务必查阅当地的交通法规或咨询当地交通管理部门，以了解最新的限行规定和处罚标准。
- 遵守交通规则：为了避免不必要的处罚，车主应严格遵守交通规则，注意查看限行通知，并合理规划出行路线和时间。
- 关注政策变化：限行政策可能会根据城市交通状况、环保需求等因素进行调整，因此车主应时刻关注相关政策的变化，以确保自己的行车行为符合最新规定。
综上所述，机动车限行违章的扣分和罚款标准因地区而异，车主在出行前应仔细了解并遵守当地的限行规定。同时，也建议车主保持对交通政策的关注度，以确保自己的出行更加顺畅和安全。