扣除员工绩效工资是否违法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法扣除绩效工资的情况：

   • 有明确的绩效考核制度与劳动合同约定：用人单位需具备明确、合理的绩效工资考核制度，且该制度应经过民主程序制定并向员工公示或告知。同时，劳动合同中应明确约定绩效工资的考核标准、发放方式及条件。当员工绩效未达到约定标准时，用人单位可依据合同和制度规定合法扣除绩效工资。
   • 符合法定扣除情形：如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用等，若绩效工资的扣除符合这些法定情形，则属于合法扣除。
   • 劳动者自身过错导致：若劳动者因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可根据劳动合同约定要求其赔偿经济损失，并从绩效工资中合理扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 非法扣除绩效工资的情况：

   • 无正当理由或随意扣除：用人单位若无正当理由或随意更改考核标准后扣除绩效工资，或扣除理由不充分、不合理，均构成非法扣除。
   • 恶意扣除：用人单位以绩效之名行克扣工资之实，如为惩罚员工、强迫员工离职等目的而恶意扣除绩效工资，属于违法行为。
   • 扣除后低于最低工资标准：用人单位扣除绩效工资后，若员工工资低于当地最低工资标准，则此扣除行为不合法。
   • 制度不合理或未公示：若用人单位的绩效工资考核制度存在重大漏洞、显失公平，或未经过民主程序制定、未向员工公示或告知，则依据该制度扣除绩效工资可能构成违法。

在面临绩效工资被扣除的问题时，员工应首先与用人单位进行沟通，了解具体原因和依据，并要求给出合理解释。若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

综上所述，扣除员工绩效工资是否违法，关键在于用人单位是否有合法依据和合理理由。员工应了解自己的权益，并在必要时采取适当措施进行维权。