当劳动争议案件超过仲裁时效时，处理起来确实会比较复杂，但并非完全没有解决的办法。以下是对这一问题的详细解答：
一、超过仲裁时效的法律后果
劳动仲裁时效是当事人向劳动争议仲裁委员会请求保护自身权利的法定时间段。超过这个时效，劳动者的胜诉权可能会受到一定影响。具体来说，如果劳动者超过仲裁时效向仲裁机构提出申请，且对方当事人提出时效抗辩，仲裁机构很可能会驳回劳动者的请求。这意味着，劳动者将无法通过仲裁程序获得法律的保护。
二、特殊情况下的处理
尽管超过仲裁时效会增加维权的难度，但在某些特殊情况下，劳动者的权益仍可能得到保护。这些特殊情况包括但不限于：
对方同意履行义务：如果对方当事人同意履行相关义务，即使超过了仲裁时效，劳动者的权益仍可能得到保障。
存在不可抗力等导致时效中止的情形：如果劳动者能够证明存在不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他正当理由导致时效中止，那么仲裁时效可能会暂停计算，劳动者的权益仍有可能得到保护。
存在仲裁时效中断的事由：如果劳动者能够证明在仲裁时效期间内，曾通过协商、申请调解、向对方主张权利或向有关部门请求权利救济等方式中断了时效，那么仲裁时效会重新计算。
三、超过仲裁时效后的诉讼途径
即使劳动争议案件超过了仲裁时效，劳动者仍然可以向法院提起诉讼进行维权。在诉讼过程中，法院会审查是否存在时效中断、中止的情形。如果劳动者能够提供充分的证据证明存在这些法定事由，法院可能会继续审理案件，并判决支持劳动者的诉讼请求。
需要注意的是，即使进入诉讼程序，劳动者也需要积极准备证据来应对可能的时效抗辩。如果对方当事人以超过仲裁时效为由进行抗辩，并且法院经审理认为没有中止、中断等正当理由，那么法院可能会驳回劳动者的诉讼请求。
四、总结与建议
综上所述，劳动争议案件超过仲裁时效后，劳动者的维权难度会大大增加。因此，劳动者应及时关注劳动争议的仲裁时效，避免因时效问题而导致自身权益无法得到有效保护。如果确实遇到了超过仲裁时效的情况，劳动者应积极寻求法律援助，并准备充分的证据来支持自己的主张。在特殊情况下，劳动者的权益仍有可能得到法律的保护。