关于运营客车在高速公路停车扣几分的问题，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》及相关法律法规，我给出以下详细解答：
一、扣分规定
驾驶营运客车在高速公路行车道上停车：
- 扣分：一次记9分。这是因为高速公路行车道是车辆正常行驶的车道，停车会严重影响其他车辆通行，极易引发交通事故，存在重大安全隐患。
驾驶营运客车在高速公路应急车道非紧急情况下停车：
- 扣分：一次记6分。应急车道是供处理应急事务的车辆使用的，非紧急情况下停车占用应急资源，影响应急车辆通行。若因车内乘客突发疾病等紧急情况需在应急车道临时停车，应立即开启危险报警闪光灯，在来车方向150米以外设置警告标志，并迅速报警，此情况通常不被认定为违规。
特别注意：有观点提及驾驶营运客车在高速公路车道内停车将扣除12分，但根据现行《道路交通安全违法行为记分管理办法》，并未直接规定此类行为扣12分。具体扣分情况应依据实际违法行为和当地交通管理部门的具体执行标准确定。
二、罚款规定
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，还可能面临警告或者二十元以上二百元以下的罚款。具体罚款金额可能根据违法行为的严重程度和当地的具体执行标准有所不同。
三、正确做法与建议
- 严格遵守交通安全法规：营运客车驾驶人应时刻遵守道路交通安全法规，不得在高速公路车道内随意停车。
- 紧急情况下的应对措施：若车辆出现故障或发生交通事故无法继续行驶，应立即开启危险报警闪光灯，将车辆移至不妨碍交通的地方停放（若条件允许），或按规定在车后设置警告标志，并迅速报警。
- 加强安全意识培训：营运客车公司应加强对驾驶人的安全意识培训，确保驾驶人了解并遵守相关法律法规，保障行车安全。
综上所述，驾驶营运客车在高速公路上停车需严格遵守相关规定，以避免扣分、罚款及可能引发的交通事故。如果您对此类问题有疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会为您提供专业的解答。