重大事故由省级人民政府负责调查。以下是对此结论的详细解释：

根据《生产安全事故报告和调查处理条例》的相关规定，我国对于生产安全事故的调查处理有着明确的分级负责制度。具体来说：

1. 特别重大事故：由国务院或者国务院授权有关部门组织事故调查组进行调查。
2. 重大事故：由事故发生地的省级人民政府负责调查。省级人民政府既可以直接组织事故调查组进行调查，也可以授权或委托相关部门进行。
3. 较大事故：由事故发生地的设区的市级人民政府负责调查。
4. 一般事故：由县级人民政府负责调查。对于未造成人员伤亡的一般事故，县级人民政府甚至可以委托事故发生单位自行组织事故调查组，但前提是必须确保调查的客观性和公正性。

因此，针对用户提出的“重大事故由省级还是市级调查”的问题，可以明确回答：重大事故由事故发生地的省级人民政府负责调查。这一规定确保了省级政府能够迅速响应并有效处理本行政区域内的重大安全事故，同时可根据实际情况直接组织或委托相关部门成立事故调查组，以确保事故得到及时、专业、公正的处理。