签了认罪认罚不起诉协议后，仍然会留下案底。下面我将详细解释这一结论：
一、案底的含义
案底通常指的是某人过去犯法或犯罪行为的记录，即经法院判决有罪或依法应被追究刑事责任的记录。只要构成了犯罪，无论是否认罪认罚，都会留有案底。
二、认罪认罚与案底的关系
认罪认罚的定义：
- 认罪认罚是指犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，并愿意接受处罚。
认罪认罚的法律后果：
- 认罪认罚可以依法从宽处理，但这并不意味着不会留下案底。
- 即使犯罪嫌疑人认罪认罚并满足快速审判程序的适用条件，法院在十日内做出判决，这一判决结果仍然会作为犯罪记录保留在司法机关。
不起诉决定的性质：
- 不起诉决定是人民检察院根据案件具体情况作出的，它并不等同于无罪判决。
- 在酌定不起诉的情形下，尽管犯罪嫌疑人最终没有被起诉和定罪判刑，但由于其实施了犯罪行为，只是基于情节轻微等原因被免予起诉，这种情况下仍然会留下案底。
三、法律依据
- 《刑事诉讼法》第十五条规定：“犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。”
- 《刑事诉讼法》第一百七十六条规定了人民检察院在确认犯罪事实清楚、证据确实充分时，应依法提起公诉，并对于认罪认罚的犯罪嫌疑人提出量刑建议。
四、总结
因此，签了认罪认罚不起诉协议后，虽然可以依法获得从轻处理，但犯罪记录（即案底）仍会保留。这是因为认罪认罚并不改变犯罪嫌疑人实施了犯罪行为的事实，也不影响其犯罪记录的保留。如果对此有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。